哥伦比亚安第斯大学 发布 SpaRED 数据集, 应用在 基因表达分析、深度学习 领域

哥伦比亚安第斯大学 本次发布的数据集 SpaRED, SpaRED是一个包含26个空间转录组数据集的预处理集合，涵盖了从9种不同组织类型的人类和小鼠样本。为了解决基因捕获不足导致的缺失问题，论文提出了SpaCKLE，一种基于transformer的基因表达完成模型，与现有方法相比，可以将均方误差减少82.5%。此外，SpaRED还建立了一个基准，评估了8种最先进的预测模型在原始和SpaCKLE完成数据上的性能，证明SpaCKLE显著提高了所有测试模型的基因表达预测性能。

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