新加坡国立大学 发布 PRING 数据集, 应用在 生物信息学、蛋白质相互作用 领域

新加坡国立大学 本次发布的数据集 PRING, PRING是一个全面的基准测试，用于从图的角度评估蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）预测。该数据集包含来自四个物种（人类、拟南芥、大肠杆菌和酵母）的高质量PPI网络数据，共有21,484个蛋白质和186,818个相互作用。数据集采用了精心设计的策略，以解决数据冗余和泄漏问题。基于这个金标准数据集，我们建立了两种互补的评价范式：拓扑导向任务和功能导向任务。这些评价不仅反映了模型理解网络拓扑的能力，还促进了蛋白质功能注释、生物模块检测甚至疾病机制分析。广泛实验表明，现有的PPI模型在恢复PPI网络的结构和功能特性方面存在局限性，突出了支持现实世界生物应用的差距。

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